Mendapatkan akses ke inti Istana Futaba, Phantom dihadapkan oleh pengetahuan mengerikan tentang Wakaba. Saat Futaba berhasil memasuki Istana sendiri, Bayangannya mendorongnya untuk mengingat cinta Wakaba padanya, membuat Futaba menyadari bahwa catatan bunuh diri Wakaba dipalsukan oleh orang-orang setelah penelitiannya tentang kecerdasan kognitif. Mendapatkan Persona Necronomicon sebagai hasilnya, Futaba menggunakan kemampuan pendukungnya untuk membantu Phantom mengalahkan monster tersebut. Setelah menghentikan Medjed seperti yang dijanjikan, Futaba meminta bantuan Ren untuk mencari tahu siapa yang membunuh Wakaba dan mencuri penelitiannya.
